Um dos grandes biomas brasileiros e uma das florestas mais ricas em biodiversidade do planeta, a Mata Atlântica tem uma data especial de celebração: 27 de maio. Santana de Parnaíba tem importante participação na preservação da floresta, que abrange cerca de 15% do território nacional, em 17 estados. O município possui cinco Unidades de Conservação (UCs), entre elas uma das maiores do país em perímetro urbano: a Reserva Biológica Tamboré, que possui área de 3,6 milhões de metros quadrados.
A Prefeitura de Santana de Parnaíba administra o local em parceria com o Instituto Tegra. De acordo com a Fundação SOS Mata Atlântica, atualmente restam apenas 24% do bioma original da mata, sendo que apenas 12,4% são florestas maduras e bem preservadas. Santana de Parnaíba é destaque nesse aspecto, com cobertura vegetal de 43% do seu território e manutenção de cinco UCs: além da Reserva Tamboré, conta com as Reservas Particulares de Patrimônio Natural Vuturussu, Voturuna II, Voturuna V e parte da Área de Proteção Ambiental da Várzea do Tietê.
Na Reserva Tamboré, a fauna e a flora são diversificadas. Conforme a Secretaria Municipal do Meio Ambiente e Planejamento, com base no último plano de manejo do local, foram identificadas 193 espécies de plantas, pertencentes a 67 famílias botânicas, e cerca de 300 espécies de animais, entre mamíferos, aves, anfíbios e répteis. No último levantamento, além de pássaros e serpentes, foram encontrados na reserva animais como tatu-galinha, jaguatirica, guaxinim, quati, capivara e gato-do-mato.
A preservação do meio ambiente está entre as políticas públicas centrais do município, com iniciativas como a implantação dos Objetivos da Agenda 2030, o Arborizar (com o plantio mais de 50 mil mudas nativas), a ampliação da rede de tratamento sanitário, entre outros
